巢湖市第二中学创办于1947年，前身是解放前的私立皖光中学和黄山初中，1952年两校合并为公办巢县初中，1960年增设高中部，更名为巢县第二中学，1984年又更名为巢湖市第二中学，2005年，学校被安徽省教育厅命名为“安徽省示范高中”。

2001年8月，接收市劳动局技校改建为初中分校，班级由30个增至45个，学生由2000余名增至3000余名;2003年8月，校本部迁至市一中原校址办学;2004年，高中扩招，高一录取新生600名，全校班级增至71个，学生近5000人。2005年计划招收高一新生720名，学生数将突破5000人。

迁入新校址后，校园占地面积110亩(含本部、西校区，宿舍区)。现代化的实验室电子阅览室、音乐教室、美术教室、舞蹈教室等应有尽有;图书馆藏书丰富(14万册)，所有教室都装配了先进的多媒体投影仪。卫星网、因特网和校园网三网合一。

学校现有教职工235人，专业教师201人，其中一级教师98人，高级教师76人，享受国务院和省政府特殊津贴教师2名，全国优秀教师，省优秀(模范)教师共6名，省、市级“教坛新星”10名，市拔尖人才3名。

学校坚持“人文科学与自然科学并举，实践能力与创新精神并重”的办学宗旨，2002-2004年的高考本科达线率均居市示范中学第1名，其中2004届文科正取生达线率为100%，在2004年和2005年全市高中教学质量综合评比中，市级示范中学9个设奖学科中，二中有6个学科获教学成绩优胜奖，共有17名教师获得教学成果奖、教研成果奖和科研成果奖。