慈利县第三中学(原澧西中学)创办于1939年，始招初一两个班，共104人，教职工15人。创立时校园占地约850平方米。但设备简陋，只有少量篮球、排球、单杠、油印机等。图书约200余册。到1949年上半年，共办20个班，毕业339个学生。该校自创办起就注意办学质量和办学特色。抗日战争时期注重抗日宣传教育、军训、晨操和劳动。学生中有很多后来成为商界名流和军界名将，如旅居台湾的朱和清先生和原国民党彭名钟将军等。
1950年2月，新政府正式接管澧西中学。但由于当时农村发生饥荒，夏季又出现了严重虫灾，经济很困难，全校只有71名学生，8名教职工。1951年11月，湖南省人民政府教育厅决定，澧西中学由私立改为公立，学校更名为“湖南慈利第三初级中学”。
1954年9月，上级派向锡梅任三中校长，招收新生两个班，全校共6个班，289人。1960年下期，在籍学生初中15个班，806人，高中2个班，98人，全校共计17个班，904人，教职工50人。五十年代后期，学校历经整风、反右、大跃进等运动，受到极大挫折。60年代初，根据国家“调整、巩固、充实、提高”的八字方针，学校提出了“调整布局、压缩规模、精简数量、提高质量”战略，取得突出成绩：(1)学校的政治气氛浓厚，师生思想觉悟高，好人好事蔚然成风。(2)教学质量不断上升，在全县名列前茅，升学率达80%。1964年毕业生考入长沙市一中3人(原省立一中)占慈利4人中的75%。(3)校舍设备不断扩大完善。由解放初期的5栋校舍48间，537平方米，图书标本共981件，发展至1961年的校舍12栋，72间，3736平方米，(其中教学用房15间，1480平方米)图书5596本，仪器已基本能分组作实验。(4)为国家输送了大量人才。这一时期共办初中55个班，2750人，毕业2310人，高中4个班，198人，毕业2个班92人，升入高一学校1600名，参军65人，参干的38人，陆续参加工作200多人。这一时期成为三中的第一个辉煌时期。
1966年至1976年“文革”时期，三中与全国一样受到巨大的冲击，各方面都遭受了重大的损失。中共十一届三中全会以后，三中迎来了历史上第二个和第三个辉煌时期。1977年，国家恢复高考制度，学校教学秩序步入正常轨道。学校规模不断扩大，1986年以前，一般为12个班，600人左右;以后一般为18个班，1000人左右。1978年下期柴志旺以文革后首任副校长兼党支部副书记身份主持三中工作(1981年8月以后，又专任党支部书记)，坚持实事求是、认真落实中共中央的政策，尊师爱才，使教师工作放心、称心、安心。学校教学质量又有大幅度提高，慈利县第一个北大生从三中走出。以后先后担任校长的吴愈清、胡先明、殷系明逐步建立健全教师、教学、学籍、学生、财务等一系列管理制度。各项工作有章可循、奖优罚劣、从严治校。并采取国考与会考并重的策略，大量启用青年教师，认真转化后进生，重视教改、实验与课外活动，致使三中成果辉煌。毕业会考成绩显著。1995年，许旖旎以全张家界市文科状元总分606分的成绩考取北京大学。
1995年以来，先后筹资近500万元，配备了微机房、课件制作室、多媒体教室和智能广播教学系统及现代办公系统，为各班级装备了电视机、饮水机。征地近2000平方米，拆除了近4000平方米的危房和存在安全隐患的建筑，新修了一栋高标准的学生公寓和教工生活楼，全面整修了学生教室、寝室、改造了水路、电路，更新了生活锅炉，新添了近10万元的图书仪器资料。封闭了横穿校园的民用公路，拓展了校园可利用面积。整修了操场、球场 ，新修了通透式围墙，完善了校园绿化、美化、亮化建设。加强了校园物质文化建设，添置了一座寓意学校近来年办学特色的雕塑，增添了校园浓厚人文底蕴的时代气息。2002年，晋升为市级重点中学。2003年，徐江同学荣录为空军飞行员。是年，有学生近1800人，30个教学班，生源覆盖全县100%的乡镇和永定部分乡镇。有教职工114人，校园面积接近70亩。一个拥有现代教育资源、较好学习生活条件的慈利三中已经崛起。