慈中书院的教育教学管理全部由慈溪中学负责，任课教师为慈溪中学优秀骨干教师，学生统一参与慈溪中学本部的一些教学和教育活动，适度使用慈溪中学先进的实验设备;资源共享，同步发展。
学校秉承慈溪中学在其漫长的办学历史中积淀下来的优良传统，并根据书院自己的办学目标和相应特点，逐步形成独特的管理体系和教育模式：培养目标个性化——拓宽个性发展空间，实行有差异的分层次教育，使各层次的学生都得到最大限度的发展;试行小班化办学模式，以满足社会和家长对小班化教育的需求。教育措施人性化——明确要求，尊重学生，重视疏导，养成气质;为高校培养和输送基础扎实、个性鲜明、气质高雅、学有特长、富有创新意识的优秀学生。课程设置多元化——建立体现本校特色的课程体系，并充分利用国内外的优质教育资源，与国外名校建立沟通渠道，为愿意直接去国外进行深造的学生创造条件。教学管理生本化——培养学生良好的思维品质和学习习惯，加强基本技能培养和学习方法的指导;科学教育和人文熏陶并重，追求优质高效，激励自主发展。