江宁高级中学始建于1934年，前身是省立江宁中学，先后六迁校址，六易校名。1980年被江苏省人民政府确定为首批办好的省重点中学，1992年学校通过检查验收被批准为省合格重点中学，2002年4月通过国家级示范高中的验收，2004年3月转评为江苏省首批四星级普通高中。学校确立了“立足学生终身发展，为学生做人、求知和创新奠基”的办学理念。
学校多次获江苏省文明单位、省德育先进学校、省实施素质教育先进单位、省教科研先进集体、省体育工作先进集体、省平安校园、省节水型校园、省青少年科技创新先进集体，省高中数学课改先进集体、省基础教育优秀成果奖等省级荣誉称号，也是江苏省教科院基础教育研究所基地学校。
学校2002年易地新建，2004年整体搬迁，新校位于方山脚下，秦淮河畔，南京江宁高新园内，紧邻南京江宁大学集中区，占地280余亩，建筑面积11万平方米，投资3亿元。学校整体布局和谐，文化品味高雅，书香气息浓郁，校园景色优美。2002年学校规模逐步扩大，由原来的36个班，逐步过渡到现在的77个班级，在校学生近3300人。
学校实行“奠基—激发—超越—升华”四个阶段的人才培养模式。2005年学校和省教科院基教所联合举办了“江宁高级中学教师发展学校”。累计培训近100名教师。目前学校有特级教师4名，拥有教授级中学高级教师2名、中学高级教师100多名、各类硕士48人、南京市学科带头人9人，各级各类学科带头人占全体教师队伍近40%。
学校以《课程规划》为指导，以智慧课堂为主阵地，以学案为载体，不断提高教育教学质量，高考本科录取人数连年在南京市同类高中居前列，每年在500人以上实现高位攀升，连续多年获南京市普通高中办学绩效最高奖----综合奖。
学校以强化校风建设和学风建设为抓手，提出了“三主”(主动学习，主动实践，主动创新)学习观、“三自”(自我教育、自我管理、自我服务)教育观。校构建了特色鲜明的“四大类”校本课程，即活动类、德育类、社团类、兴趣类。形成了女子垒球和健身操等品牌项目。2005年学校和江宁区体育局联合举办了“江宁高级中学女子垒球队”(南京市队)，2007-2011年学校女子垒球队连续多次荣获全国少年女子垒球锦标赛冠军。自2007年在南京市“校园青春健身操大赛”中，学校代表队多次获一、二等奖。
学校从2011级开始在高一年级推行小班化教育教学实验，每班学生额在40人左右，在师资配备、课程设置、教育教学方面实行动态的管理，加强师生、生生之间的交互性，注重激发每个学生的兴趣、爱好，调动学生学习积极性，满足学生个性化要求，首届小班化实验高考交出满意成绩单，文化类本二以上达线602人，在南京市推进人数最多。
根据江苏省教育厅、省发展改革委、省财政厅和青海海南州的有关协议以及南京市教育局的要求，从2011年开始，学校每年承办两个“青海海南民族高中班”的教育教学工作，教育援青将持续10年，首届“青海民族班”成绩大幅度领先青海本地中考成绩相同层次的学生，得到青海海南州领导的高度肯定。
从2011年开始，立足学校的实际和发展愿景，以基于智慧教育的精品课程建设为载体，以智慧课堂的实施为抓手推进学校的综合改革与发展。学校利用3-5年时间创建综合改革高中。