上海南汇中学，前身为县立“南汇女子初级中学”，创办于1927年，位于南汇古城东南角。1946年更名为“南汇简易师范学校”，1954年又更名为“南汇县中学”，1962年成为南汇县重点中学，2000年定名为“上海南汇中学”。学校于2004年9月迁入现址，成为上海市寄宿制重点高中，2007年4月被评为上海市实验性示范性高中。
2018年10月9日，浦东新区南中教育集团正式成立，这是新区组建的第11个教育集团。浦东新区南中教育集团是由新区的7所学校共同构建的教育发展联合体。集团以上海市实验性示范性高中上海南汇中学为牵头学校，成员学校包括上海市祝桥高级中学、上海市老港中学、上海市泥城中学、上海市石笋中学、上海市彭镇中学、上海市江镇中学。包括高中两所、完中三所、初中两所。基于“兼文兼理汇善汇美”的集团文化精神以及“人本人文格物致知”的集团办学宗旨，7所集团学校未来将特色共建、资源共享、项目共研、携手共进、合作共赢、互惠互利，共同提升课程品质和办学水平，形成南中教育集团的发展特色，尤其是将依托和辐射优质的高中教育资源，进一步提升集团内部公办初中(学段)的教育质量，为推进初中强校工程而努力。
学校被评为上海市文明单位、上海普教系统德育工作先进集体，上海市中学行为规范示范学校，上海市花园单位，上海市科技教育特色示范学校，上海市教育科学研究先进单位，上海市二期课改实验基地，全国中小学现代教育科技实验学校，2049中国青少年科学素养培养计划上海试点学校，上海市健康促进学校，中国科学院紫金山天文台校外天文科普基地和上海市天文台科学普及实验基地。