深圳市南头中学的“始祖”是兴建于1801年的凤冈书院，已有200余年历史。书院1906年改名为凤冈学校，增设了近代自然科学、社会科学等科目。深圳经济特区成立后，南头中学教学管理水平和教学质量优异。从1995年起，南山区先后投入近 6000万元建设现代化新南中。学校占地约为52000平方米。
南头中学是深圳市历史最悠久的学校，其前身为凤冈书院，始建于1801年，1906年改称为凤冈学校，被誉为“深圳教育的根”。
学校是南山区规模最大的公办普通高中，是国家级示范性普通高中、广东省一级学校、广东省教学水平优秀学校，2021年获得深圳市先进基层党组织的称号。
近年来，学校致力于建设“质量过硬、特色鲜明、开放包容、师生喜爱、社会认可”的好高中，努力让每个学生都能成为最好的自己。由于历史底蕴深厚，办学质量稳步提升，学校深得市民信赖，不少深圳家庭一家几代人都是南中校友，被传为美谈。
学校于2010年4月即成立了“学生成长支持中心”，通过成立一个中心(学生成长支持中心)，提供两类支持(师长支持、朋辈支持)，实施三大教育(生命教育、生涯教育、自主教育)，建立四大体系(课程体系、辅导体系、实践体系、咨询体系)，搭建了完整的学生成长支持体系，努力实现学生全面而有个性地发展。学校拥有生涯规划教育市级立项课题，并已完成结题，生涯规划教育是学校的特色品牌。
2007年5月，南头中学以高分顺利通过了国家级示范性普通高中的督导评估验收，并于2007年5月被正式授予牌匾。专家组在评估报告里认为南中有“两个罕见”：一是抽查教师上课的优秀率之高是罕见的;二是专家型领导班子和学者型的教师团队的构成是罕见的。
学校178名教师中，有博士1人，中学正高级教师1人，特级教师6人，全国优秀教师3人，省级以上优秀教师12人，深圳名师4人，市级以上优秀教师82人，省市区级学科带头人和骨干教师占教师总数的一半以上，高级教师比例已达60%。学校设有广东省名师工作室1个，深圳市名师工作室1个。
作为一所老牌优质高中，南头中学教师队伍正气足、有爱心、业务精、水平高，年龄结构合理。学校构建了“重师德、重业绩、重能力、重贡献”的教学评价机制和教师荣誉体系，充分激发了老师们敬业乐业的无限热情。在南山区学校管理综合评价中，南头中学荣获第1名(全区100家单位)，并获得了南山区第五届教育改革创新奖。